Le ninjutsuest l'art du ninja. Les attaques utilisent généralement beaucoup de chakra et correspondent aux divers éléments.
On trouve des techniques de type :
- Katon : l'art d'utiliser le Feu ;
- Suiton : l'art d'utiliser l'Eau ;
- Doton : l'art d'utiliser la Terre, le Sol ;
- Futon : l'art d'utiliser le Vent ;
- Raiton : l'art d'utiliser la Foudre ;
- Mokuton : l'art d'utiliser le Bois (combinaison de Doton et Suiton) ;
- Hyoton : l'art d'utiliser la Glace (combinaison de Futon et Suiton).
- Kinton : l'art d'utiliser le Métal.
Les ninjas utiliseront ces différents types de techniques selon leurs affinités. Par exemple, les membres du Clan Uchiwa, qui ont pour affinité le Katon, se verront naturellement doués pour effectuer des techniques de ce type.
Le taijutsu 
Le taijutsu est un style de combat au corps à corps. Il demande à son utilisateur une grande vitesse d'exécution et beaucoup de puissance.
Ce sont principalement des techniques de coups de poing/coups de pied, de blocages, de bris des os, de sauts, d'étranglements, de déplacements rapides et silencieux, et de parades.
Le genjutsu
Le genjutsu est un style de combat qui utilise les illusions d'optique. Les ninjas qui maîtrisent le genjutsu peuvent tromper leurs adversaires en jouant sur l'environnement, l'hypnose, etc... Le ninja peut alors dominer son adversaire en le contrôlant ou le faisant paniquer.
Il existe des techniques qui peuvent les annuler, et les ninjas confirmés sont plus ou moins capables de les détecter. Cela dépend évidemment de la puissance du jutsu utilisé.
Le dôjutsu
Le dôjutsu est l'art d'utiliser les pupilles (Sharingan et Byakugan).
Il existe aussi le kushyose no jutsu
qui est l'art de controler les animaux et le fuinjutsu 
qui est l'art de sceller
